1. 综合管理办公室
       负责科学技术研究院综合事务管理（OA、重要文件文书、科技信息和宣传、科学技术研究院网站和科研管理系统管理和维护、各类统计年鉴报告等，内外联络和接待等）；科学技术研究院内部综合性工作的组织和协调。

2. 纵向研究处

       国家级重大科技项目申报及过程管理，项目类型包括：国家重点研发计划、国家科技重大专项/科技创新2030、上海市级重大科技专项、其他国家部委科研项目等。

3. 基础研究处（项目管理中心） 

       负责国家自然科学基金、教育部、市科委等部门来源的基础研究项目、各类人才和团队计划项目，以及国际科技合作项目、科技基础性工作专项、科学仪器专项等的组项工作；组织科技发展战略研究和科技发展规划研讨。

4. 国际合作办公室
       负责科技部、教育部、上海市科委等部门及境外来源的国际科技合作项目的申报、过程管理等工作；学校重大开放合作任务推进；理工学科相关科研外事事务的统筹协调。

5. 产学研合作处

       统筹协调和管理产学研合作工作，制定相关规章制度；审核、签署技术合同，管理横向科研经费；负责校企科技合作，建设与管理校企联合研发平台；组织参加重大科技展会及成果推介；统筹管理学校科研对外服务资质工作；参与和管理校地科技合作等。

6. 技术转移中心
       负责全校专利、计算机软件著作权、集成电路布图设计、植物新品种等知识产权的申请、登记、维持与管理；负责学校知识产权管理系统的建设、维护、发布和管理；负责学校知识产权与科技成果转化管理相关政策的研究、制订、发布、解释、实施与监督；知识产权许可、转让、作价入股等管理；以知识产权为中心，为学校科技成果转移转化提供精细化、专业化的管理和服务，完善学校科技成果转移转化体系；负责地方技术转移平台的建设与管理。

7. 基地建设与成果管理处

       负责国家重大科技基础设施、全国重点实验室、省部级重点实验室等科技创新平台基地培育建设与运行管理，对接国家实验室、上海市新型研发机构合作，各级各类政府批建实验室开放课题管理。

       负责国家科技奖、省部级科技奖、其他社会力量设奖以及校内十大科技进展的组织申报及相关管理工作，科技奖励的审核和发放工作等。

8. 医学科研处
       医学科研处作为科学技术研究院下设分管医学科研管理工作的职能部门，主要职责为医科科研工作的综合管理与协调，组织与策划，为科研人员提供科研管理支持与服务。
9. 融合创新研究院

       负责在学校层面统筹推进有组织的理工医科交叉研究，提升科技创新战略研究能力，强化对实体及虚体运行科研机构、校级科研服务共享平台、电镜中心的服务支持保障，建设融合创新大科研平台，加强重大创新任务专任岗科研人员的力量补充。

更新日期：2025年11月7日