国家实验室基地

• 上海感染与免疫科技创新中心

全国重点实验室

• 集成芯片与系统全国重点实验室
• 脑功能与脑疾病全国重点实验室
• 应用表面物理全国重点实验室
• 复杂性状的遗传调控全国重点实验室
• 聚合物分子工程全国重点实验室
• 心脏病全国重点实验室（共建依托单位）
• 克服递药屏障高端制剂全国重点实验室（共建依托单位）
• 光伏科学与技术全国重点实验室（共建依托单位）
• 多孔材料与分离转化全国重点实验室（共建依托单位）
• 绿色化学合成与转化技术全国重点实验室（共建依托单位）
• 高端装备涂料全国重点实验室（共建依托单位）
• 湿地环境保护与生态修复全国重点实验室（共建依托单位）

国家野外科学观测研究站

• 上海长江河口湿地生态系统国家野外科学观测研究站

国家临床医学研究中心

• 国家老年疾病临床医学研究中心
• 国家放射与治疗临床医学研究中心

国家工程实验室

• 治疗性疫苗国家工程实验室

国家制造业创新中心

• 国家集成电路创新中心

国家医学中心

• 国家儿童医学中心（上海）
• 国家神经疾病医学中心
• 国家传染病医学中心
• 复旦大学附属中山医院国家医学中心

国家产教融合创新平台

• 国家集成电路产教融合创新平台
• 国家医学攻关产教融合创新平台
• 国家人工智能产教融合创新平台

• 上海数学中心