省部共建创新协同中心
      长三角集成电路设计与制造协同创新中心
新农村研究院
      新农村发展研究院
教育部重点实验室
      非线性数学模型与方法教育部重点实验室
      电磁波信息科学教育部重点实验室
      现代人类学教育部重点实验室
      生物多样性与生态工程教育部重点实验室
      计算物质科学教育部重点实验室
      微纳光子结构教育部重点实验室
      医学分子病毒学教育部重点实验室
      代谢分子医学教育部重点实验室
      智能化递药教育部重点实验室
      公共卫生安全教育部重点实验室
      癌变与侵袭原理教育部重点实验室
      特性材料与技术教育部重点实验室（B类）
      核物理与离子束应用教育部重点实验室
      计算神经科学与类脑智能教育部重点实验室
教育部工程研究中心
      先进涂料教育部工程研究中心
      基因技术教育部工程研究中心
      网络信息安全审计与监控教育部工程研究中心
      创新科学仪器教育部工程研究中心

      智能机器人教育部工程研究中心

      心血管介入治疗技术与器械教育部工程研究中心

      健康老龄化智慧医疗教育部工程研究中心

上海市重点实验室

      ​​​​​​​上海市代谢重塑与健康重点实验室

      ​​​​​​​上海市现代应用数学重点实验室

      ​​​​​​​上海市分子催化与功能材料重点实验室

      ​​​​​​​上海市智能信息处理重点实验室

      ​​​​​​​上海市大气颗粒物污染防治重点实验室

      ​​​​​​​上海市数据科学重点实验室

      ​​​​​​​上海市针灸机制和穴位功能重点实验室

      ​​​​​​​上海市代谢重塑与健康重点实验室

      ​​​​​​​上海市周围神经显微外科重点实验室

      ​​​​​​​上海市医学图像处理与计算机辅助手术重点实验室

      ​​​​​​​上海市器官移植重点实验室

      ​​​​​​​上海市女性生殖内分泌相关疾病重点实验室

      ​​​​​​​上海市视觉损害与重建重点实验室

      ​​​​​​​上海市乳腺肿瘤重点实验室

      ​​​​​​​上海市出生缺陷防治重点实验室

      ​​​​​​​上海市老年医学临床重点实验室

      ​​​​​​​上海市肾脏疾病与血液净化重点实验室

      ​​​​​​​上海市医学表观遗传学重点实验室

      ​​​​​​​上海市脑功能重塑及神经再生重点实验室

      ​​​​​​​上海市传染病与生物安全应急响应重点实验室

      ​​​​​​​上海市肺部炎症与损伤重点实验室

      ​​​​​​​上海市放射肿瘤学重点实验室
上海工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海超精密光学制造工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海工业菌株工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海手性药物工业不对称催化工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海重要产品追溯工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海智能机器人工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海区块链工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海碳化硅功率器件工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海综合能源系统人工智能工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海低轨卫星通信与应用工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海生物医学检测试剂工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海消化内镜诊疗工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海分子影像探针工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海结直肠肿瘤微创工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海质子重离子放射治疗工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海心肺疾病人工智能工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海心脏瓣膜工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海免疫治疗药物工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海介入治疗工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海肿瘤智能药物工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海毛发医学工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海神经再生与细胞治疗工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海老年疾病人工智能辅助医疗工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海肿瘤疾病人工智能工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海脑重大疾病智能影像工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海肿瘤多维靶向基因组诊断工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海激光与裸眼3D视觉健康工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海呼吸物联网医学工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海合成免疫工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海胆道微创及材料工程技术研究中心

      ​​​​​​​上海市超精密运动控制与检测工程研究中心

      ​​​​​​​上海市人工智能医疗辅助器具工程研究中心   

国家卫生健康委员会重点实验室
      ​​​​​​​卫健委新生儿疾病重点实验室

      ​​​​​​​卫健委近视眼重点实验室

      ​​​​​​​卫健委糖复合物重点实验室

      ​​​​​​​卫健委听觉医学重点实验室

      ​​​​​​​卫健委病毒性心脏病重点实验室

      ​​​​​​​卫健委卫生技术评估重点实验室

      ​​​​​​​卫健委手功能重建重点实验室

      ​​​​​​​卫健委抗生素临床药理重点实验室

      ​​​​​​​卫健委医学分子病毒学重点实验室
总后勤部卫生部重点实验室
      全军智能化递药重点实验室
野外台站（国家林业局）

上海崇明东滩湿地生态系统定位观测研究站
国家国际科技合作基地（科技部）
      储能技术示范型国际科技合作基地

现代人类学示范型国际科技合作基地

气候和环境变化研究示范型国际科技合作基地

发育与疾病国际联合研究中心

医学表观遗传与分子代谢国际科技合作基地
国际联合实验室（教育部）
      遗传与发育国际合作联合研究中心

创新引智基地

量子调控学科创新引智基地

先进材料科学与技术学科创新引智基地

现代应用数学学科创新引智基地

人类遗传学科创新引智基地

功能纳米材料系统工程学科创新引智基地

计算神经科学与类脑智能学科创新引智基地

重离子物理学科创新引智基地

脑发育与重塑学科创新引智基地

持续性感染与疾病学科创新引智基地

上海市前沿科学研究基地

上海市海洋-大气相互作用前沿科学研究基地

上海市智能光电与感知前沿科学研究基地

上海市生殖与发育前沿科学研究基地

上海市病原微生物与感染前沿科学研究基地（培育）
上海市协同创新中心
      长三角集成电路设计与制造协同创新中心

上海市智能视觉计算协同创新中心

上海市低轨卫星信息技术协同创新中心

上海市内镜微创协同创新中心

上海市药物研发协同创新中心
上海市研发公共服务平台专业技术服务平台

上海市微电子材料与元器件微分析专业技术服务平台

上海市微纳器件与工艺专业技术服务平台

上海有机固废污染控制与资源化高值化利用专业技术服务平台

张江国际脑影像中心专业技术服务平台

上海市聚合物分子工程专业技术服务平台

上海市高等级生物安全病原微生物检测专业技术服务平台

上海市重大疾病蛋白质组研究专业技术服务平台

上海市恶性肿瘤生物样本库专业技术服务平台

灵长类模式动物专业技术服务平台

上海市生物医药放射性专业技术服务平台